O perigo básico de comer pão mofado é desenvolver dor de estômago ou uma reação alérgica ao mofo. Há casos em que o mofo faz com que as micotoxinas se formem dentro do pão, apresentando ameaças significativas à saúde das pessoas que ingeri-los. Esses crescimentos de fungos perigosos são indiscerníveis dos inofensivos.
O pão mofado produz efeitos colaterais físicos como dor de estômago, boca seca ou coceira e sintomas alérgicos relacionados à sensibilidade geral a mofo. Nos casos em que as toxinas se desenvolvem em conjunto com o molde, as pessoas correm maior risco de sofrer de graves problemas físicos. Não é possível dizer, olhando para o crescimento de fungos, se essas substâncias tóxicas estão presentes.As micotoxinas vêm em uma série de variações, incluindo aflatoxina, citrinina e ocratoxina. As substâncias tóxicas geradas por formações fúngicas de micotoxinas no pão causam problemas como depressão da síntese de RNA, câncer de fígado, insuficiência renal e morte em casos mais extremos. A presença desse molde em alimentos costuma ser difícil de detectar.
Outros tipos de micotoxinas que aparecem no pão mofado atacam o sistema nervoso ou causam sintomas semelhantes aos da febre. Essas substâncias devem ser consumidas em volumes moderados para gerar efeitos colaterais graves, mas ainda é considerado perigoso ingerir micotoxinas em qualquer volume.