Causas comuns de contaminação de alimentos incluem bactérias, vírus e parasitas que entram no processo de produção durante a fase de cultivo, colheita, processamento, transporte ou preparação. Alimentos que são especialmente suscetíveis a contaminação prejudicial incluem crus e prontos - alimentos para comer, como produtos hortifrutigranjeiros, que não são cozidos antes do consumo.
E. coli é um dos contaminantes mais comuns e resulta de carne mal passada que foi contaminada com fezes durante o abate. A contaminação cruzada de alimentos com salmonela é comum em cozinhas onde cozinheiros manipulam carne crua e aves usando ferramentas ou mãos sujas que também manipulam alimentos cozidos ou prontos para comer, levando à intoxicação alimentar para o consumidor.
