Alguns protistas produzem seus próprios alimentos por meio da fotossíntese, enquanto outros obtêm energia consumindo partículas de substâncias orgânicas, vírus e bactérias. Alguns protistas têm a capacidade única de obter nutrição usando os dois processos; quando a luz solar é abundante, eles usam o método autotrófico de aquisição de nutrientes (fotossíntese) e se alimentam de materiais orgânicos no escuro ou em condições de pouca luz.
Os protistas, como as plantas altas e alguns tipos de bactérias, têm a capacidade de fotossintetizar. Eles fazem isso absorvendo luz e calor dos raios solares, que se combinam com a água em seus sistemas vasculares para formar glicose, um tipo de açúcar que os protistas usam para obter energia. A maioria dos protistas que realizam a fotossíntese vive na terra, embora várias espécies marinhas também usem essa tática. O método pelo qual os protistas obtêm energia é usado para classificá-los em diferentes grupos. Autotróficos fotossintéticos e quimiossintéticos são grupos de protistas que usam a fotossíntese para criar energia. Os heterótrofos, por outro lado, são divididos em classes de fungos que obtêm minerais e nutrientes por ingestão ou absorção. Os heterótrofos que usam a ingestão consomem partículas de comida levando-as para o corpo, onde são digeridas por enzimas. Os heterótrofos de absorção obtêm energia secretando enzimas digestivas fora de seus corpos e, em seguida, absorvendo nutrientes.