Para congelar pimentas jalapeño, lave as pimentas, remova as hastes, coloque-as em um pacote, certifique-se de que não haja espaço extra e feche bem o saco. Embora alguns tipos de pimentas exijam pessoas para cortá-los antes de congelar, isso não é necessário com pimentas jalapeño.
Ao congelar pimentas jalapeño, há algumas precauções de segurança a serem observadas, pois os óleos da pimenta podem irritar a pele. Sempre use um par de luvas de borracha e tente manusear a pimenta principalmente do caule, pois o caule não contém óleos. Depois de trabalhar com jalapenos, lave bem as mãos com água e sabão e descarte as luvas sem tocar na parte externa delas.