Depois de cozidos, os mexilhões podem ser armazenados na geladeira por até quatro dias. Depois de cozinhar os mexilhões, é importante colocá-los em um recipiente hermético e refrigerá-los dentro de duas horas após cozinhando. Se os mexilhões não puderem ser consumidos em quatro dias, podem ser congelados por até três meses. Embora os alimentos congelados a 0 graus Fahrenheit permaneçam seguros indefinidamente, esse período de tempo garante que a qualidade permaneça intacta.
Os mexilhões são cozinhados a vapor, grelhados, assados ou grelhados. É importante que sejam armazenados frios na geladeira antes de cozinhá-los. Mexilhões vivos são armazenados melhor embrulhados em toalhas de papel úmidas e refrigerados por até uma semana. Os mexilhões com casca também podem ser mantidos refrigerados por cerca de uma semana quando imersos em seus líquidos e armazenados em um recipiente bem coberto. Mexilhões crus com casca também podem ser congelados, em seus líquidos, por até dois meses.Antes de cozinhar os mexilhões, lave sempre bem a casca e, se desejar, remova a barba escura e fibrosa que sai da casca. É importante cozinhar os mexilhões a uma temperatura interna de 145 graus Fahrenheit, sem estender muito o tempo de cozimento, pois isso pode criar mexilhões duros e endurecidos. Mexilhões vivos podem ser cozidos no vapor ou grelhados até que suas cascas se abram, e mexilhões com casca são melhores cozidos.