Praticamente todos os queijos disponíveis para compra em supermercados e lojas de queijo são o mais sem glúten possível, o que significa que todos eles contêm um nível indetectável de glúten. Os principais ingredientes do queijo são o leite, coalho (uma enzima que coagula o leite) e bactérias (que fermenta o leite).
Ao praticar uma dieta sem glúten, deve-se sempre ter cuidado com a contaminação cruzada do glúten, bem como quando outros ingredientes são adicionados como aromatizantes em queijos. Uma nova tendência de cerveja e queijos embebidos em álcool está surgindo, como o cheddar irlandês com cerveja forte ou o uísque irlandês. Ambos adicionam um nível perigoso de glúten aos queijos que dão sabor. Nesses casos, é altamente recomendável para aqueles que sofrem de alergia ao glúten evitar o consumo de qualquer um desses tipos de queijo.
Além disso, pessoas que sofrem de alergia ao glúten ou doença celíaca têm se preocupado com certos tipos de queijos azuis contendo glúten porque a bactéria classicamente usada para fazê-los, Penicillium roqueforti, é tradicionalmente cultivada em centeio, malte ou dextrose à base de trigo, todos contendo glúten. Um estudo realizado em 2009 pela Associação Celíaca Canadense testou um grupo de queijos azuis quanto ao glúten e descobriu que os níveis eram todos inferiores a uma parte por milhão, o que é um nível indetectável. Ainda assim, as pessoas com doença celíaca devem sempre proceder com cautela, portanto, sempre peça ao vendedor o máximo de informações possível sobre as origens de um produto que você está pensando em comprar.