Os grãos dentro dos poços de nectarina contêm uma pequena quantidade de glicosídeos cianogênicos, que o corpo metaboliza em cianeto. No entanto, a quantidade é tão pequena que um buraco é uma pequena ameaça para um adulto.
Muitos caroços de frutas geralmente contêm uma pequena quantidade de glicosídeos cianogênicos e as nectarinas não são exceção. No entanto, é improvável que a pequena quantidade presente cause danos a um adulto devido à ingestão acidental. Na verdade, pequenas quantidades desses grãos às vezes são usadas como aromático para realçar outros alimentos. Mais cuidado deve ser tomado com crianças e animais de estimação, pois eles têm menor resistência à toxicidade, embora o sabor amargo torne a ingestão proposital menos provável.