O consumo de quantidades excessivas de vinagre não é saudável. É um ácido relativamente forte e pode irritar a garganta e o estômago, danificar o esmalte dos dentes, enfraquecer os ossos e prejudicar os rins.
Se tomado, os médicos recomendam diluir o vinagre com água para reduzir o teor de ácido. O vinagre também foi associado a interações medicamentosas perigosas com medicamentos como diuréticos e insulina. O vinagre de maçã é usado por algumas pessoas para tratar diabetes; embora possa ajudar a regular os níveis de açúcar no sangue, os médicos alertam contra o uso como substituto de medicamentos para diabetes. Também é considerado um remédio popular para combater a obesidade; novamente, os médicos alertam contra isso em favor de uma dieta adequada e exercícios.