Mexilhões que têm um cheiro forte de peixe, são duros e secos ou têm cascas visivelmente quebradas são considerados ruins e não devem ser comidos. Mexilhões com cascas que não abrem durante o processo de cozimento também devem ser evitado.
Ao contrário das amêijoas, um mexilhão pode estar vivo e apto para o consumo, mesmo que a sua casca seja aberta antes de ser cozinhada. Bater levemente na concha deve fazer com que feche novamente. Caso contrário, o mexilhão pode estar morto e deve ser eliminado. Os mexilhões bons abrirão suas cascas durante o processo de cozimento, desde que tenham sido cozidos por um período de tempo apropriado. Os mexilhões devem ser cozidos no vapor entre quatro e nove minutos, enquanto os mariscos cozidos devem cozinhar por três a cinco minutos depois que as conchas começam a abrir.
Os mexilhões devem ser armazenados de forma adequada antes de cozinhar para evitar que estraguem. Os cozinheiros devem primeiro esfregá-los com uma escova macia, enxaguar com água fria e tirar a barba, se desejar. Em seguida, eles devem refrigerar os mexilhões vivos em uma tigela com um pano úmido ou toalha sobre eles, mantendo a temperatura constante entre 32 e 45 graus Fahrenheit. Armazená-los em sacos plásticos ou recipientes herméticos não é uma boa ideia, pois os mexilhões morrem rapidamente e começam a estragar.