Não é seguro comer farinha crua. O Boletim de Intoxicação Alimentar avisa que a farinha crua pode conter bactérias patogênicas e que comê-la pode causar doenças. Além de evitar o consumo de qualquer farinha não cozida, é importante tratar a farinha crua da mesma forma que outros ingredientes não cozidos potencialmente perigosos. Para evitar a contaminação cruzada, os cozinheiros devem sempre higienizar as superfícies expostas à farinha crua e lavar as mãos após manusear a farinha crua.
O New York Times relata que um surto de E. coli em 2009 foi rastreado ao consumo de massa de biscoito comercial pronta para consumo, não cozida, comprada em loja, e que a causa provável foi a farinha crua na massa.
Dr. Karen Neil, uma epidemiologista médica que trabalha para os Centros de Controle e Prevenção de Doenças, explica que a farinha crua era o único ingrediente agrícola cru na massa de biscoito não cozida embalada. Por não ter passado por nenhum processo para matar os patógenos, provavelmente levou à contaminação da massa do biscoito. Os ovos usados na massa foram pasteurizados, o que mata os patógenos, e o açúcar, melaço, margarina e bicarbonato de sódio também passaram por várias etapas de eliminação de patógenos durante o processamento.
O New York Times relata que, de acordo com um estudo de 2008, 53% dos estudantes universitários admitiram comer massa de biscoito não assada.