Vários animais comem tomates, incluindo esquilos, coelhos, veados e guaxinins. Alguns animais, como marmotas, destroem tomateiros no processo de colher os frutos.
Manter os animais longe dos tomateiros pode ser difícil e os métodos variam dependendo do animal. Manter os cervos afastados com uma cerca pode ser complicado porque eles podem pular uma cerca menor que cerca de 2,7 metros. Um cachorro latindo costuma ser o melhor impedimento para veados, e os gatos podem ser protetores eficazes contra esquilos e outros pequenos animais.
Para alguns animais que se enterram, como as marmotas, uma cerca deve ser enterrada com vários metros de profundidade para evitar que cavem embaixo dela. Para guaxinins altamente inteligentes e adaptáveis, apenas uma gaiola cheia pode mantê-los longe dos tomates. Corujas ou cobras falsas podem ajudar a manter os coelhos afastados.
Espalhar substâncias naturais, como urina de animais predadores ou pimenta, pode ser uma forma não tóxica e eficaz de manter os animais longe dos tomates. Alguns jardineiros plantam mais tomates do que precisam, sabendo que os animais vão comer alguns. É ilegal em algumas áreas que os proprietários prendam animais selvagens. Mesmo se o animal não for ferido, realocá-lo para longe de sua área normal pode causar ferimentos ou morte ao animal.