O chocolate contém cafeína e a ingestão de quantidades excessivas pode causar nervosismo, micção frequente, taquicardia e dificuldade para dormir. Mulheres grávidas e amamentando devem moderar o consumo de chocolate, assim como indivíduos com hipertensão, glaucoma ou distúrbios digestivos.
O chocolate ou cacau pode causar reações alérgicas na pele e distúrbios gástricos, como prisão de ventre, náuseas, ruídos estomacais, gases ou desconforto intestinal geral. A cafeína contida em grandes quantidades de chocolate também pode causar enxaquecas e ansiedade e retardar o processo de coagulação do sangue, resultando em sangramento e hematomas em pessoas com distúrbios hemorrágicos. Pessoas com problemas cardíacos devem monitorar o consumo de cacau, pois pode causar batimento cardíaco irregular. A síndrome do intestino irritável, diarreia e refluxo gastroesofágico às vezes são agravados pela cafeína.
Durante a gravidez, a cafeína do chocolate pode contribuir para partos prematuros, baixa taxa de natalidade e aborto espontâneo. Os lactentes que consomem cafeína através do leite materno podem ficar irritáveis e evacuar com frequência. Indivíduos com osteoporose, glaucoma e pressão alta podem apresentar sintomas desagradáveis com a cafeína do chocolate, e qualquer pessoa que se submeter a uma cirurgia deve interromper o consumo de todo o cacau duas semanas antes da cirurgia, pois pode interferir no controle do açúcar no sangue durante e após cirurgia.