Existem muitos substitutos para o queijo Fontina, como os queijos Provolone, Gruyere e Gouda. A razão pela qual muitos queijos diferentes podem substituir o queijo Fontina é porque o queijo Fontina tem um sabor mais suave que pode ser facilmente substituído por uma variedade de opções, dependendo do gosto do cozinheiro.
Isso é especialmente verdadeiro porque a forma mais comum de queijo Fontina vendida nos mercados dos Estados Unidos é o queijo Fontina dinamarquês. Este tipo de queijo Fontina tem um sabor suave e uma textura mais macia do que outras variações do queijo Fontina, como o queijo Fontina italiano, que tem um sabor mais acentuado.
Uma receita específica, como um sanduíche de frango grelhado e pimentão assado com queijo Fontina, é um ótimo exemplo de como o queijo Fontina pode ser substituído. Os queijos Provolone, Gruyere e Gouda funcionam bem na reprodução do sabor Fontina. O queijo Fontina também pode ser substituído pelo queijo Emmental.
O queijo Fontina vendido nos mercados dos EUA tende a ter um sabor suave, cremoso e amanteigado de noz. A contraparte italiana tem um sabor mais forte, porém, com um aroma particularmente pungente. É um óptimo queijo de mesa e tem um sabor agradável quando derretido. Também combina bem com vinho branco e várias receitas de sanduíches, principalmente a mencionada anteriormente.