O queijo mussarela processado pode ser congelado e permanece por até seis meses no congelador. O queijo mussarela perde umidade quando congelado e desenvolve uma textura quebradiça. Por causa dessa textura, o queijo mussarela descongelado só é apropriado para usos em que é derretido.
O queijo mussarela fresco não congela tão bem como as variedades processadas e não é adequado para congelar. A mussarela descongelada não pode ser substituída em receitas que pedem queijo fresco. Isso se deve às diferenças de sabor e textura. A mussarela com baixo teor de gordura tem mais água do que as variedades integrais, o que afeta a quantidade de umidade perdida durante o congelamento e como ela derrete quando descongelada.