Enquanto o queijo natural é feito com ingredientes totalmente naturais e curado, o queijo processado é geralmente feito parcialmente de queijo natural com conservantes e ingredientes artificiais adicionados. O queijo processado é então emulsificado e prensado para ser fatiado ou extrudado em latas e potes. O queijo processado também geralmente tem um teor de sódio muito mais alto do que o queijo natural e, ao contrário do queijo natural, geralmente é estável no armazenamento.
A maioria dos queijos naturais é feita com ingredientes muito simples - leite, coalho (enzimas produzidas no estômago dos ruminantes) e sal. Os sabores e texturas de queijo natural derivam principalmente de diferentes tipos de leite e coalho. Depois que o soro é drenado da coalhada, ele é transformado em rodas e envelhecido (de 60 dias a três anos em alguns casos) para atingir o sabor correto.
Embora os queijos processados contenham algum queijo natural, eles também contêm soro de leite, cultura de queijo e outros aditivos, como citrato de sódio, fosfato de sódio e ácido sórbico. Além disso, ao contrário de muitos queijos naturais, muitos queijos processados contêm urucum para colori-lo de laranja. A maioria dos queijos processados foi projetada para uma longa vida de prateleira, então, uma vez que é emulsificado e misturado, pode ser embalado e enviado imediatamente. Embora seja mais conveniente em alguns aspectos do que o queijo natural, o queijo processado também é geralmente mais caro do que variedades comuns, como cheddar e suíço.