A farinha crua pode ser perigosa de consumir devido aos seus altos níveis de bactérias. A farinha geralmente não passa por um processo de tratamento térmico para matar os patógenos. Esses patógenos, quando comidos crus em produtos como massa crua de biscoitos, podem deixar os consumidores doentes.
Em 2009, ocorreu um surto de E. coli devido à massa de biscoitos da Nestlé Toll House, conforme observado pelo arquivo de notícias WebMD. Havia 77 pessoas em 30 estados afetados pelo surto e todos estavam depois de comer a massa de biscoito da Nestlé Toll House sem assá-la primeiro. 35 pessoas foram hospitalizadas, o que levou ao recall imediato de 3,6 milhões de pacotes de massa de biscoito.
A princípio, pensava-se que o culpado pelo surto eram os ovos crus, mas após um exame mais detalhado, o CDC e o FDA assumiram que apenas o contaminante era farinha crua. Naquela época, ele não passava por nenhum processo de tratamento térmico para matar os patógenos, como os outros ingredientes encontrados na massa do biscoito. Desde esse incidente, vários fabricantes, incluindo a Nestlé, começaram a implementar um processo de aquecimento em suas fábricas para reduzir as bactérias na farinha na esperança de evitar novos surtos.