O MDHealth afirma que, embora as amêndoas tenham muitos benefícios para a saúde, o consumo excessivo de amêndoas tem potencialmente alguns efeitos adversos para a saúde, como ganho de peso e overdoses de alguns nutrientes. Comer muitas amêndoas também tem outros efeitos nocivos possíveis, incluindo interações negativas com alguns medicamentos e problemas gastrointestinais.
O MDHealth explica que, embora as amêndoas reduzam o colesterol, também contribuem para o ganho de peso quando ingeridas em grandes quantidades, se a pessoa não queimar as calorias extras. As amêndoas também contêm uma boa quantidade de fibras. Comer demais às vezes leva ao inchaço abdominal ou prisão de ventre. Beba muita água ao comer amêndoas para evitar isso. Consumir muitas amêndoas fornece mais do que a quantidade recomendada de vitamina E, o que leva a sintomas como dores de cabeça, letargia, diarreia e flatulência. O alto teor de manganês nas amêndoas interage mal com alguns medicamentos, incluindo medicamentos antipsicóticos, laxantes, antiácidos, alguns antibióticos e medicamentos para pressão arterial.
O San Francisco Gate afirma que comer muitas amêndoas significa ingerir muito selênio, o que às vezes leva à selenose. Esta condição perturba o bom funcionamento do sistema digestivo, faz com que o cabelo caia, danifica os nervos e torna as unhas extremamente quebradiças. A selenose é uma condição séria. No entanto, a toxicidade do selênio raramente ocorre quando se exageram na ingestão de amêndoas.