O pão babka pode ter se originado com judeus do Leste Europeu ou pode ser um parente distante do pannetone italiano. A origem exata do pão babka é desconhecida.
O pão Babka pode ter se originado na Polônia ou na Ucrânia. Uma teoria afirma que costumava ser parte de um antigo ritual de fertilidade como parte do sistema matriarcal. Este tipo de pão recheado e enrolado é especialmente popular na Rússia, Bielo-Rússia, Países Bálticos, Polônia e Ucrânia. O nome "babka" está relacionado com "babcia", a palavra eslava para avó. Uma teoria é que a tradicional assadeira polonesa usada para assar babka lembra as pregas da saia de uma velha. Outra teoria sobre o nome é que as avós eram as principais padeiras do prato.
Outra teoria afirma que o babka na verdade se originou na Itália, onde é visto como uma versão "russificada" do pão pannetone italiano. Possivelmente, a rainha Bona Sforza trouxe a tradição com ela para a Polônia no século XVI. A ideia de que o babka é originário da Itália é sustentada pela inclusão do chocolate em algumas versões. Os judeus se tornaram chocolates na Itália e trouxeram a tradição com eles quando fugiram da Inquisição Espanhola no século XV.
Babka já foi muito maior do que a versão atual. No início do século 19, os padeiros poloneses começaram a usar massa de chalá de ovo para fazer uma sobremesa para barrar com geleia, canela ou passas, que formava a base do pão babka moderno.
