Aproximadamente 100 espécies de plantas e ervas contêm cafeína. A cafeína é menos comumente encontrada nas frutas, mas a noz de cola contém cafeína, assim como as sementes do fruto da planta Guaraná e do cacaueiro .
As plantas de guaraná produzem pequenos frutos que possuem sementes com maior concentração de cafeína do que os grãos de café. Algumas espécies da planta coffea produzem frutos vermelhos e roxos comestíveis chamados cerejas. Essas cerejas contêm sementes com cafeína. As plantas de limão, toranja e laranja contêm cafeína em suas folhas e flores, mas não nas frutas em si.
A maioria das frutas que vêm de plantas com flores não contém cafeína. A cafeína que ocorre naturalmente, encontrada em plantas e sementes, costuma atuar como um mecanismo de defesa para desencorajar os herbívoros de comer a planta.