A papaína é um amaciante eficaz de carne porque rompe as cadeias de proteínas que tornam a carne fibrosa e difícil de cortar. Esta enzima de clivagem e digestão de proteínas quebra as fibrilas e o tecido conjuntivo que contribuem para a integridade estrutural da carne, tornando-a mais tenra.
Os tecidos conjuntivos resistentes gerenciam o estresse mecânico ao qual os músculos são submetidos. Cada célula muscular possui fibrilas que tornam a célula estruturalmente sólida e ajudam o músculo a se contrair. A estrutura interna da fibrila é uma rede complexa de longas cadeias de proteínas, e os tecidos que conectam as células musculares também são principalmente proteínas. A papaína corta longas cadeias de proteína em pedaços mais curtos, o que faz com que a carne fique mais macia.
A papaína é semelhante à enzima bromelaína encontrada no abacaxi. Ambos são enzimas proteolíticas, o que significa que ajudam a digerir as proteínas encontradas nos alimentos. A maioria dos amaciantes de carne comerciais contém papaína, bromelaína ou ambas. A papaína é semelhante à enzima do estômago pepsina, que decompõe as proteínas da carne, do ovo e dos laticínios durante a digestão.
A papaína desempenhou um papel importante nos primeiros estudos científicos da estrutura das proteínas vegetais. Foi aplicado a proteínas para quebrá-los em pedaços menores para facilitar o exame. Os nativos da América Central utilizaram as propriedades de amaciamento da carne da papaína, embrulhando-as em folhas frescas de mamão para amaciar.
