Os cogumelos shiitake e as algas kombu são substitutos japoneses tradicionais dos flocos de bonito. Esses ingredientes são comumente usados para dar sabor a versões vegetarianas de caldos e molhos que normalmente conteriam flocos de bonito seco.
Embora os flocos de bonito sejam mais comumente usados para dar sabor a caldos e molhos, eles também têm outros usos na culinária japonesa. Eles podem ser polvilhados na comida como condimento ou usados como recheio de bolinhos de arroz. Bonito às vezes também é usado como substituto, substituindo peixes mais caros, como o atum gaiado. Em alguns países, o bonito é até vendido como atum enlatado.
