A fruta se decompõe porque bactérias, fungos e outros microrganismos invadem a fruta e secretam enzimas que causam o apodrecimento. Acelerando o processo de apodrecimento junto com as enzimas que ocorrem naturalmente na fruta, o sucesso desses organismos e as enzimas também são influenciadas por fatores ambientais, como oxigênio e água.
Para que a fruta se estrague, todas as bactérias ou fungos devem estar presentes. A fruta que começa a estragar mais rápido normalmente é danificada na superfície de uma forma que permite o fácil acesso dos micróbios. O oxigênio do ar também acelera a deterioração, causando a oxidação da fruta e proporcionando um ambiente nutritivo para os microrganismos. A água também é essencial para o sucesso dos organismos e, como as frutas consistem em uma grande porcentagem de água, o crescimento de bactérias e fungos é incentivado ainda mais.
O primeiro organismo a infestar uma fruta são os fungos, pois são mais capazes de destruir a parede celular das plantas. Assim que isso ocorre, as enzimas secretadas começam a apodrecer o fruto, tornando-o mais favorável para hospedar a população de bactérias, aumentando ainda mais a taxa de apodrecimento. Alguns ambientes que podem evitar o apodrecimento das frutas são aqueles típicos da preservação de alimentos, como decapagem em soluções ácidas ou cristalização com açúcar.
