A Chipotle permite que os clientes façam pedidos online para retirada. Os usuários fazem login ou criam uma conta e clicam no botão Pedir agora. O Chipotle também inclui um formulário de pedido por fax e a opção de pedidos em grupo online e, para usuários de telefones celulares, o aplicativo Chipotle oferece opções de pedidos.
A página de pedidos apresenta as opções de entrada, que os usuários personalizam escolhendo a carne, o tipo de arroz, feijão e coberturas. Acompanhamentos e bebidas também aparecem na página. Os usuários optam por pagar na loja ou online com cartão de crédito ou cartão-presente. Na loja, os clientes que fizeram seus pedidos online vão direto para o registro de retirada.