É comum que jalapeños fiquem pretos durante o processo de crescimento. A cor da pimenta está sujeita a mudanças quanto mais tempo permanece na planta.
As pimentas Jalapeño variam em tamanho, textura, sabor e cor. A maioria dos jalapeños é colhida quando estão verdes brilhantes. No entanto, se eles forem deixados na planta, a cor continua a mudar. A cor verde brilhante lentamente começa a escurecer até ficar preta. A cor preta marca a última fase da transformação da pimenta jalapeño. Pimentas vermelhas jalapeño tendem a ser mais doces e não tão picantes quanto a pimenta verde tradicional.