Os tempos de cozimento podem ser drasticamente mais curtos para receitas de mini muffins, totalizando apenas 10 a 15 minutos, e os padeiros devem ter cuidado para evitar cozinhar demais. O tempo exato de cozimento para mini muffins depende da receita e a temperatura do forno, mas, em geral, esses muffins menores devem ser assados por um período menor de tempo do que os muffins de tamanho normal para evitar queimar, secar ou outros efeitos indesejáveis resultantes de muito tempo no forno. As receitas devem ser seguidas exatamente para evitar estragar o lote de mini muffins, e se o padeiro estiver optando por fazer mini muffins com uma receita de muffin grande, o padeiro deve ficar de olho nos muffins enquanto eles assam.
Se um tempo exato de cozimento para os mini muffins não estiver disponível e o padeiro estiver trabalhando em uma receita de muffins em tamanho real, ele pode adotar uma abordagem mais detalhada, descobrindo o quanto os mini muffins são menores do que os completos - muffins do tamanho indicado na receita e reduzindo o tempo de cozimento de acordo. As pessoas que não são tão boas em matemática podem simplesmente colocar os mini muffins no forno a uma temperatura um pouco mais baixa do que a dos muffins grandes e ver como estão depois de cinco minutos. Quando os muffins parecem inchar e dourar, eles podem ser removidos e testados com um palito de cozimento.