A compota de maçã deve ser refrigerada após a abertura e consumida no prazo de sete a 10 dias. Tree Top e Mott's, junto com a maioria dos outros fabricantes de compota de maçã, imprimem as datas de validade em seus recipientes de compota de maçã. Comer purê de maçã que expirou não é recomendado.
Enquanto os fabricantes comerciais de compota de maçã pasteurizam seus produtos para reduzir a chance de crescimento bacteriano ou outra atividade patogênica, os compostos das maçãs estão sujeitos à oxidação. Quando o oxigênio está presente, as enzimas polifenol oxidase no tecido da maçã reagem com compostos fenólicos para produzir produtos secundários de cor marrom.
Os recipientes lacrados limitam a quantidade de oxigênio presente que pode causar escurecimento e outros efeitos de oxidação, mas não pode eliminá-lo totalmente. O aquecimento durante o processo de pasteurização também retarda a atividade enzimática. Ainda assim, as reações químicas inevitavelmente continuam, e a qualidade do produto é alterada no processo. Mott's indica que seu recipiente de tamanho único por porção ficará bom, fechado, por seis a 12 meses. O Tree Top varia as datas de validade impressas em seus contêineres, dependendo do tamanho do contêiner.
