Em 1980, a Clarksville Natural Grocery fundiu-se com a Safer Way Natural Foods de Austin, Texas, para se tornar Whole Foods Market. Uma enchente no ano seguinte danificou gravemente a loja, o estoque e os equipamentos.
A expansão inicial da Whole Foods veio através da fusão e aquisição de outras lojas e empresas. Os primeiros Whole Foods Markets fora de Austin foram em Houston e Dallas. Em 1988, o Whole Foods Market adquiriu a The Whole Food Company de New Orleans, sua primeira expansão além do Texas. Ao longo dos anos 1990 e início dos anos 2000, a empresa continuou adquirindo lojas de alimentos naturais e construindo novas. Em 2015, a Whole Foods opera mais de 420 lojas nos Estados Unidos, Canadá e Reino Unido.
