As desvantagens de comer alimentos orgânicos incluem custos mais altos e menor disponibilidade do que os produtos convencionais. Os agricultores que produzem produtos orgânicos não usam certos fertilizantes e pesticidas para estimular o crescimento da safra e evitar a disseminação de ervas daninhas. Embora isso produza benefícios ambientais, também reduz a produção e impacta os preços ao consumidor.
Os agricultores orgânicos enfrentam maiores riscos de ameaças às colheitas do que os agricultores convencionais. Suas plantações desenvolvem menos resistência a fatores naturais como secas e doenças. A resistência mais baixa produz danos à safra e produção reduzida, o que exige aumentos de preços. Os agricultores orgânicos também produzem safras de qualidade inferior sem a ajuda de produtos agrícolas convencionais. Os produtos orgânicos normalmente demoram mais para chegar às prateleiras das lojas do que os produtos convencionais. O processo de colheita, envio e distribuição aumenta para as culturas orgânicas. Por sua vez, essas safras parecem mais velhas e menos frescas ao chegar aos consumidores.
A falta de disponibilidade previsível também prejudica o apelo das culturas orgânicas. Os consumidores costumam encontrar produtos agrícolas tradicionais nas lojas durante todo o ano. Os produtos orgânicos, no entanto, chegam em épocas específicas. Os agricultores orgânicos cultivam safras orgânicas para consumo na forma bruta e para a produção de outros itens de mercearia. Os fabricantes de alimentos usam rótulos indicando conformidade com os requisitos orgânicos federais, conforme descrito pelo Departamento de Agricultura dos Estados Unidos (USDA). Os rótulos indicam a quantidade de substâncias orgânicas nos produtos. Itens com rótulos 100% orgânicos derivam de todos os ingredientes orgânicos. Todos os itens com rótulos que indicam "orgânico" devem conter pelo menos 95% de ingredientes orgânicos.
