A deterioração dos alimentos é causada por bactérias, leveduras, fungos, as próprias enzimas dos alimentos, insetos, flutuação de temperatura e oxidação. Quando ingeridos, os alimentos estragados por bactérias ou outros micróbios apresentam risco de doença para humanos.
Controlar o calor, a umidade e o pH ajuda a inibir a deterioração, evitando o crescimento microbiano e desacelerando o processo natural de decomposição dos alimentos. Cozinhar os alimentos desativa enzimas e mata bactérias e fungos, mas esse processo só é permanente para as enzimas. Bactérias e fungos reinfectam a comida cozida, a menos que sejam tomadas medidas para prevenir seu retorno, como controle de temperatura e umidade.
Alterações causadas por enzimas, oxidação, baixas temperaturas ou luz são geralmente cosméticas. Eles induzem alterações indesejáveis no sabor, textura ou aparência dos alimentos, mas não tornam os alimentos impróprios para consumo. Com exceção de lesões de baixa temperatura, esse dano ocorre em condições que permitem o crescimento microbiano; os alimentos também podem estar contaminados com bactérias ou mofo e não são seguros para comer por esse motivo. Lesão por baixa temperatura é uma exceção porque ocorre apenas em condições que inibem o crescimento microbiano.
Diferentes alimentos são mais vulneráveis a diferentes tipos de deterioração. O crescimento bacteriano é mais prevalente em alimentos com baixo teor de ácido e alto teor de proteína, como carnes e laticínios, enquanto o crescimento do fermento ocorre em alimentos com alto teor de açúcar. Tanto o mofo quanto o fermento são capazes de estragar alimentos com alto teor de ácido, tornando-os mais comuns na deterioração de frutas e vegetais.