Três das principais características usadas para classificar os organismos são a estrutura celular, o modo de nutrição e a celularidade. Essas características ajudam os cientistas a determinar como os organismos são semelhantes entre si e como são diferentes uns dos outros outro.
Classificar um organismo de acordo com sua estrutura celular significa determinar se ele é um procarioto ou eucarioto e, em seguida, determinar se o organismo tem uma parede celular ou outras organelas, de acordo com Dave Krupp, da Universidade do Havaí.
O modo de nutrição se refere a como um organismo obtém seu alimento. Os organismos podem ser classificados como autótrofos ou heterótrofos. Os autótrofos fazem sua própria comida, enquanto os heterótrofos precisam comer outros organismos para sobreviver. Se um organismo for autotrófico, também pode ser classificado como fotoautotrófico ou quimioautotrófico. Stephen T. Abedon, do estado de Ohio, explica que os fotoautótrofos produzem seus próprios alimentos usando a energia da luz solar. Os quimioautótrofos produzem alimentos usando a energia de compostos doadores de elétrons.
A celularidade se refere a quantas células um organismo possui e como essas células estão organizadas. Alguns organismos são unicelulares, enquanto outros são multicelulares. Organismos avançados têm células organizadas em tecidos.