O pKa de um aminoácido depende de seu tipo, grupo e cadeias laterais. Por exemplo, quando a lisina faz parte do grupo ácido carboxílico, ela tem um pKa de 2,18, em comparação com um pKa de 8,95 quando faz parte do grupo amino e 10,53 com cadeias laterais.
Quando no grupo do ácido carboxílico, a maioria dos aminoácidos tem valores de pKa de pouco mais de 2, com apenas a histidina caindo abaixo com um pKa de 1,77. Um ácido com um valor de pKa abaixo de 2 é considerado um ácido forte, enquanto os acima são considerados ácidos fracos. Os aminoácidos no grupo amino têm valores de pKa que variam de 8s altos a 10s baixos.
