A Pepsi Blue foi descontinuada em 2004 devido à polêmica em torno do uso de Blue 1, um corante alimentar proibido em alguns países, e uma estratégia de marketing agressiva que pode ter alienado os consumidores. Apesar do fracasso, alguns os consumidores continuam procurando a Pepsi Blue.
No início dos anos 2000, a PepsiCo Inc. desenvolveu uma estratégia de negócios que incluía marketing agressivo e a criação de novos sabores para suas marcas de refrigerante. Em 2003, um artigo na Businessweek delineou essa estratégia da Pepsi e descreveu a promoção cruzada da marca com os principais eventos, incluindo o Winter X Games, o Super Bowl e o torneio de basquete da NCAA. A Businessweek observou a baixa demanda por refrigerantes novos e com sabores exclusivos da Pepsi, incluindo Pepsi Blue, Pepsi Twist e Mountain Dew Code Red, com as vendas dessas variedades respondendo por apenas 5% do total de vendas de refrigerantes da Pepsi.
Business Insider aponta o fracasso da Pepsi Blue em particular no uso de um agente polêmico chamado Blue 1. Conforme relatado pela CBS News, a tentativa da PepsiCo de marketing subversivo para a Pepsi Blue é outra razão para o fracasso da marca. Os profissionais de marketing que trabalham para a PepsiCo postaram disfarces em fóruns online, tentando aumentar o entusiasmo boca a boca sobre o produto Pepsi Blue. Essa estratégia, no entanto, foi rejeitada por consumidores experientes que perceberam os truques de marketing. A CBS News também indica que, devido ao grande fracasso do produto, a frase "Pepsi Blue" se tornou uma palavra-código entre os consumidores on-line para rotular as empresas que tentam agressivamente, mas secretamente, comercializar para os usuários da Internet.