Para evitar que as abóboras apodreçam, armazene-as em uma temperatura muito baixa. As condições frias inibem o crescimento de bactérias, as forças motrizes por trás do apodrecimento e decomposição. Quanto mais frio o ambiente, mais tempo as abóboras permanecem comestíveis.
Abóboras inteiras são notavelmente resistentes e permanecem frescas por semanas sem refrigeração, especialmente em climas frios. Quando as temperaturas estão baixas, as abóboras se dão bem em áreas não aquecidas, como varandas, caves e galpões de jardim. Em climas mais quentes, as abóboras se beneficiam de refrigeração e congelamento. Pequenas abóboras inteiras cabem perfeitamente na caixa de batatas fritas da geladeira, mas amostras maiores não cabem na maioria dos refrigeradores e freezers. Para conservar uma abóbora grande, retire a tampa e retire as sementes e a polpa. Corte as porções restantes e coloque-as em sacos de congelamento pesados. A abóbora congelada é um ótimo complemento para sopas, ensopados e muitos produtos assados, incluindo torta de abóbora.
É extremamente importante que todas as abóboras armazenadas ao ar livre fiquem inteiras. A casca espessa da abóbora é um excelente isolante que protege a polpa e as sementes do calor e de pragas. Uma vez que a casca é perfurada, no entanto, a abóbora se torna muito mais vulnerável. As abóboras perfuradas devem ser imediatamente picadas e refrigeradas ou congeladas. Pedaços de abóbora congelados permanecem comestíveis por mais de um ano.