Os protistas vivem em lagos, rios, oceanos, lagoas e sedimentos úmidos. Como são organismos microscópicos, podem viver em praticamente qualquer parte do mundo que tenha vestígios de água para sustentar sua vida .
Alguns dos grupos mais comuns de protistas que podem ser encontrados em rios, lagos, oceanos e outros corpos d'água são:
Flagelados: são os menores em tamanho quando comparados a outros protistas. Eles se movem pelo uso de flagelos que os impulsionam para onde desejam ir.
Ciliados: os ciliados se movem pelo uso de características semelhantes a cabelos finos, normalmente chamados de cílios. Os cílios os tornam bons nadadores, apesar de serem os maiores dos vários grupos de protistas.
Esporozoários: esses protistas não podem se mover sozinhos, pois não têm recursos para movimento. Os esporozoários são geralmente de natureza parasitária e, portanto, dependem de seus hospedeiros para se moverem. Eles tendem a se agarrar a animais como tartarugas e peixes.
Heliozoários: Heliozoários são conhecidos por viver em corpos de água doce como lagos, em vez de oceanos. Eles são caracterizados por uma falta de esqueleto e pseudópodes amebóides rígidos.
Outros protistas incluem amebas e radiolários.
