Os fungos vivem no solo, no solo das florestas, na água e até mesmo nas plantas, animais e no ar. Os fungos crescem em praticamente todas as áreas do planeta - ocupam biomas tropicais e temperados zonas. Os fungos têm diferentes adaptações para se adequar ao clima e às condições em que vivem: alguns são mais porosos e adequados para a vida na floresta tropical e em áreas pantanosas, enquanto outros têm uma cobertura externa dura, semelhante ao coral, que lhes permite viver no fundo do oceano .
Os fungos do solo são encontrados em ecossistemas ao redor do mundo; onde quer que haja solo, eles crescerão. Esses fungos dependem da sujeira e do solo em que crescem para fornecer vitaminas e nutrientes essenciais. Os fungos do solo são freqüentemente encontrados crescendo próximo às espécies de plantas companheiras. Nesse caso, a planta e o cogumelo formam uma relação mutuamente benéfica, em que a planta fornece aos fungos alimentos a partir da matéria orgânica decomposta e os fungos fornecem água e nutrientes à planta. Os fungos aquáticos habitam corpos d'água salgados e de água doce; dependendo da área de residência, eles têm uma variedade de características especiais para lidar com a vida em seus ambientes. Os esporos desses fungos, como os dos fungos que crescem no ar, se dispersam e se regeneram quando carregados pelos ventos.