Os fungos podem viver em uma variedade de habitats classificados como marinhos ou terrestres: no solo, na água e em plantas e animais. As evidências sugerem que alguns fungos evoluíram intimamente com seus planta ou animal em parceria para desenvolver uma relação simbiótica produtiva. Os fungos, que incluem leveduras, cogumelos e bolores, são classificados separadamente de plantas, animais e bactérias.
Os fungos funcionam como decompositores e são capazes de decompor até mesmo substâncias tóxicas. Quando os fungos absorvem nutrientes de um organismo que ainda vive, os fungos podem ser considerados parasitas. Como os fungos são extremamente adaptáveis, eles prosperam em ambientes muito diferentes em todo o mundo. Alguns fungos vivem em desertos, outros em fontes hidrotermais bem abaixo da superfície do oceano. Os fungos micorrízicos estão presentes no solo e obtêm nutrientes das raízes das plantas ou dos restos de plantas em decomposição. Outros fungos encontrados no solo (conhecidos como ruderais) coletam seus nutrientes da água da chuva. Alguns fungos, como bolores, crescem melhor em lugares escuros e úmidos e podem ser uma irritação constante para os humanos (especialmente em formas como o bolor preto do pão). Por outro lado, os cogumelos - que na verdade são frutos de certos tipos de fungos - podem ser um complemento saboroso para uma refeição.