Os fungos se reproduzem de duas maneiras: assexuadamente por mitose ou sexualmente por meiose. A reprodução sexual ocorre com muito menos frequência do que a produção assexuada e geralmente apenas quando necessário para se adaptar às mudanças ambientais.
A reprodução assexuada ocorre por meio de esporos vegetativos, por meio de fragmentação do micélio ou por brotamento.
A reprodução vegetativa ocorre quando uma única célula haplóide produz milhões de esporos por meio da mitose que são geneticamente idênticos à célula original. Esses esporos são incubados dentro de uma estrutura chamada esporângio e são dispersos por uma variedade de meios, como sendo carregados pelo vento, agarrando-se a outros organismos e até mesmo flutuando na água. Assim que esses esporos encontram um ambiente viável, eles começam a crescer e se reproduzir.
A fragmentação micelial ocorre quando o fungo se divide em muitos fragmentos separados e cada um deles cresce em um novo organismo que é geneticamente idêntico ao original.
Ao contrário da maioria dos fungos, a levedura usa um método assexuado diferente de reprodução conhecido como brotamento, no qual uma prole é formada e separada da célula original.
Devido à necessidade de adaptação a novos ambientes, a maioria dos fungos também tem a capacidade de se reproduzir sexualmente, por meio da meiose. Este processo envolve duas cepas diferentes de células haplóides se fundindo para criar um esporo diplóide, conhecido como zigósporo. A prole resultante contém características genéticas de ambos os pais.