Nos pulmões, as células ciliadas movem o muco ao longo do trato respiratório e evitam que os patógenos causem infecções. Os cílios no trato reprodutivo feminino estimulam os oócitos a se moverem pelas trompas de Falópio.
O epitélio colunar ciliado no trato respiratório desempenha um papel importante na proteção do corpo contra infecções e ajuda a mobilizar o muco. Eles estão presentes ao longo do nariz, brônquios e bronquíolos, e ficam acima das células caliciformes produtoras de muco. Quando os patógenos se movem para o trato respiratório, eles ficam presos no muco. A escada rolante ciliar move-o para cima para que possa sair pelo nariz e pela garganta. Quando alguém fuma, a escada rolante ciliar fica paralisada, tornando-o mais suscetível a doenças. Além disso, essas células têm potencial de diferenciação que lhes permite reparar o trato respiratório quando este sofre danos por bronquite.
As mulheres também se beneficiam da presença de células ciliares em seu trato reprodutivo. Quando um óvulo é liberado dos ovários, o oviduto usa os cílios para gerar uma corrente que o leva para as trompas de Falópio. Sem a força dos cílios, os oócitos não colidiriam com os espermatozoides para formar um zigoto.
As células ciliadas tendem a apresentar 200-300 cílios, que expandem a área de superfície, além de fornecer benefícios de motilidade. Essas células são retangulares.