A principal diferença entre cílios e flagelos é como eles são organizados. Cílios e flagelos são extensões flexíveis que ajudam as células a se mover.
Cílios e flagelos são organelas celulares estruturalmente semelhantes ou extensões que auxiliam no movimento celular. As células geralmente têm um ou dois flagelos mais longos e muitos cílios mais curtos. O movimento de pulsação dos cílios é diferente do dos flagelos, pois os flagelos se movem em um movimento ondulatório e os cílios se movem de maneira mais complicada.
Um único flagelo pode mover uma célula como um chicote, ou dois flagelos podem se mover em conjunto. No entanto, os cílios cobrem a maior parte do corpo da célula e batem de maneira coordenada.
