Os protistas se movem usando cílios, flagelos e pseudópodes. O método de locomoção varia de acordo com o tipo de espécie de protista e onde vivem.
O movimento de alguns protistas é possibilitado pelos cílios, que são minúsculas projeções semelhantes a fios de cabelo que se estendem de suas superfícies ou de dentro das células. Os cílios permitem que os protistas se movam em padrões rítmicos enquanto nadam na água. Outros protistas se movem usando flagelos, que são apêndices longos e filiformes que se parecem com longos chicotes e ajudam os organismos a se moverem de forma constante através de correntes e ondas. Pseudópodes é o terceiro tipo de locomoção protista. Esse movimento envolve uma projeção temporária do citoplasma através de certas células, como os fagócitos.