As três partes de uma sinapse são a finalização pré-sináptica, a fenda sináptica e a finalização pós-sináptica. Um impulso que viaja de uma célula nervosa para outra deve passar por todas as três partes para cruzar com sucesso a sinapse e para viajar para o próximo neurônio na sequência.
Os impulsos nervosos viajam do corpo da célula nervosa até seu final através do terminal do axônio, que é uma longa reta. Na extremidade deste terminal está o final pré-sináptico. Essa estrutura contém bolsas de neurotransmissores químicos que são liberados em resposta à chegada do impulso do nervo.Uma vez liberados, os neurotransmissores cruzam a fenda sináptica, que é apenas uma pequena lacuna entre as células nervosas. Os neurotransmissores não usados são retomados pela terminação pré-sináptica após o término da transmissão. As proteínas neurotransmissoras que alcançam seu alvo são absorvidas pela terceira parte da sinapse, a terminação pós-sináptica.
A terminação pós-sináptica possui estruturas receptoras especializadas em sua superfície. Esses receptores aceitam neurotransmissores da mesma forma que uma fechadura aceita uma chave. A chegada de uma proteína de transmissão dispara um impulso na terminação pós-sináptica que viaja por um terminal curto até o corpo principal da célula.