Os prós da clonagem de plantas são: ela reproduz plantas resistentes a doenças, acelera a reprodução em plantas e reproduz plantas com alto valor nutricional. Os contras da clonagem de plantas são: ela é cara, requer habilidades especiais, reproduz plantas geneticamente idênticas e as plantas reproduzidas por meio da clonagem têm uma vida útil curta.
A clonagem de plantas acelera a reprodução porque as plantas não precisam passar pelo processo de formação de gametas para que a fertilização ocorra. Também permite que os agricultores cultivem plantas resistentes a doenças, o que minimiza o uso de pesticidas e herbicidas e minimiza a perda econômica em caso de surtos de doenças. As plantas produzidas por clonagem são melhoradas em qualidade e valor nutricional. Essas plantas são testadas para manter características úteis entre elas, garantindo que seu valor nutricional seja mantido e aprimorado ao longo do tempo.
A clonagem de plantas é um processo caro que requer mão de obra qualificada, tecnologia moderna, equipamento especializado e suprimentos exclusivos, como hormônios de enraizamento, meios de crescimento especiais para facilitar a cultura de tecidos e porta-enxertos específicos para serem usados no enxerto. A clonagem também produz plantas geneticamente idênticas, portanto, a diversidade de plantas é perdida e, no caso de surtos de doenças, todas as plantas clonadas são provavelmente afetadas. As plantas reproduzidas por clonagem também têm uma vida útil curta em comparação com aquelas produzidas por meio do processo normal de fertilização.