Os corantes negativos não colorem as células porque a parede celular da bactéria repele o corante. Os corantes usados para os corantes negativos são ácidos e não penetram nas paredes celulares carregadas negativamente. Por causa disso, apenas o plano de fundo do slide será colorido.
A principal vantagem de usar uma coloração negativa sobre uma coloração positiva é que as colorações negativas podem ser realizadas sem a necessidade de fixar a amostra por calor, permitindo que a amostra seja preservada o máximo possível sem distorções. Ao usar este procedimento, a morfologia, a disposição e o tamanho das bactérias são preservados e podem ser determinados com mais precisão.
