Antagonismo microbiano é o método de usar culturas estabelecidas de microrganismos para evitar a intrusão de cepas estranhas. Quando introduzida em um ambiente já colonizado, uma cepa invasiva de bactéria tende a não prosperar e pode ir completamente extinto.
Um exemplo de antagonismo microbiano no corpo humano é a resistência de bactérias bucais estabelecidas a novas cepas que podem ser introduzidas via contato boca a boca. Após um beijo, por exemplo, novas bactérias são introduzidas no ambiente hostil de uma boca estranha. Uma vez lá, o crescimento da bactéria invasora é inibido por compostos antimicrobianos secretados pela flora nativa, bem como pela competição acirrada por recursos.
