Entre os muitos predadores de cães da pradaria de cauda preta estão coiotes, linces, texugos, raposas velozes, águias douradas, falcões de cauda vermelha, gaviões ferruginosos e cascavéis. Ferrets de pés pretos raros, corujas e algumas espécies de cobras descem em buracos de cachorro da pradaria de cauda preta para caçá-los.
Devido à abundância de predadores, os cães da pradaria têm postos de escuta perto das saídas de seus elaborados bosques subterrâneos. Eles têm uma chamada especial semelhante a um chilreio que sinaliza que o perigo está próximo. Um cão da pradaria dá o aviso inicial e outros o aceitam. Quando o perigo passa e é seguro sair, um indivíduo diz que está tudo bem, outros ecoam, e logo a cidade inteira está gritando e dançando.
Cães da pradaria de cauda preta vivem em comunidades chamadas cidades que geralmente cobrem uma milha quadrada e contêm algumas centenas de indivíduos. No entanto, a maior cidade conhecida estava espalhada por 25.000 milhas quadradas e tinha uma população estimada de 400 milhões. Em algumas áreas, os cães da pradaria são considerados uma espécie-chave, contribuindo de maneira vital para o bem-estar da flora e da fauna locais. Em fazendas, entretanto, eles são considerados pragas e são exterminados. Além de predadores e humanos, outro perigo para os cães da pradaria são as doenças, que às vezes reivindicam colônias inteiras. Embora haja tentativas periódicas de listar o cão da pradaria de cauda preta como espécie ameaçada ou em perigo, embora em 2009, o Serviço de Pesca e Vida Selvagem dos EUA tenha determinado que a proteção não era garantida.
