Os pigmentos nas plantas são feitos e armazenados em organelas chamadas plastídios. O plastídio mais comum é o cloroplasto, que é uma organela verde com o pigmento verde clorofila. A clorofila é o pigmento mais importante para a fotossíntese.
Os pigmentos são compostos especiais que refletem uma determinada cor da luz. Para a maioria das plantas verdes, a clorofila, que reflete a luz verde, é a mais comum. No entanto, as plantas têm outros pigmentos que são usados para outros fins que não a fotossíntese, como a aparência. Por exemplo, muitas flores e frutos de plantas têm cromoplastos, que variam em cor. Os pimentões têm cromoplastos, que mudam com o tempo para indicar a maturidade da fruta.