Existem várias maneiras de contar as colônias de bactérias que crescem em uma placa de Petri, desde uma simples contagem manual até um maquinário complexo projetado para medir eletronicamente o crescimento da colônia . Dependendo de quantas placas de Petri precisam ser contadas e da frequência de medição, diferentes usuários se beneficiarão com diferentes métodos de contagem.
A contagem manual é apropriada para a maioria das configurações de laboratório, já que o único recurso necessário é o tempo. É econômico e fácil; qualquer pessoa capaz de contar e registrar os pontos observados na placa de Petri é capaz de contar as colônias por meio desse método. Existem algumas ferramentas simples, incluindo marcadores e contadores operados por cliques manuais, que podem ajudar no processo de gravação. A desvantagem de contar manualmente é que ela consome muito tempo e pode estar sujeita a erros humanos.
Existem máquinas que foram projetadas especificamente para medir o número de colônias presentes em uma placa de Petri. Essas máquinas fornecem aos usuários uma saída que inclui números de contagem e crescimento em um período de tempo específico. O uso de máquinas de contagem é útil no ambiente de laboratório, onde o tempo é melhor gasto em atividades diferentes da contagem manual e onde a precisão é de extrema importância. As desvantagens de usar máquinas de contagem incluem despesas e funcionalidade potencialmente limitada do dispositivo, além do simples propósito de contagem.