Algumas bactérias fabricam e absorvem seus próprios alimentos, enquanto outras devem consumir substâncias como organismos vivos ou material em decomposição através das paredes celulares. As bactérias decompõem os alimentos em um processo chamado respiração, que para algumas cepas de a bactéria requer oxigênio para se completar.
Muitos tipos de bactérias são capazes de comer uma variedade de coisas como leite, carne, óleo e gás. Algumas bactérias vivem no trato digestivo de humanos e outros animais e auxiliam o corpo ajudando a digerir os alimentos e comendo outras bactérias nocivas. Escherichia coli, mais comumente conhecida como E. coli, é uma bactéria que vive no corpo humano e sobrevive digerindo alimentos, absorvendo alguns dos nutrientes e liberando vitamina K. A versão prejudicial da bactéria E. coli faz com que as pessoas adoeçam quando ingerido.
Para comer, algumas bactérias absorvem os alimentos através das paredes celulares. Muitos são autótrofos, o que significa que fazem sua própria comida usando coisas como luz solar, água e solo, semelhante ao método de fotossíntese que muitas plantas usam. Eles absorvem os alimentos que produzem e liberam oxigênio no ar.
As bactérias também são usadas para fazer alimentos como queijos e iogurte. Eles comem os açúcares do leite e os convertem em ácido lático, com os queijos mais macios tendo mais bactérias do que os queijos duros.