Os peixes têm um sistema digestivo básico com estômagos adaptados ao tipo de alimento que comem. O alimento que é ingerido é parcialmente digerido no estômago antes de passar para o intestino, onde é posteriormente digerido, e é no estômago que os nutrientes dos alimentos ingeridos são absorvidos.
O alimento que não é absorvido sai do corpo do peixe pela abertura anal como resíduo. É importante alimentar os peixes com os alimentos recomendados para eles. Por exemplo, peixes herbívoros requerem uma dieta rica em fibras, enquanto peixes carnívoros precisam de alimentos ricos em proteínas. Os carnívoros têm intestinos mais curtos e sistemas mais simplistas, portanto, o processo de mover os alimentos pelo corpo difere ligeiramente.