Os hipopótamos se protegem com mandíbulas poderosas, dentes enormes e cabeças enormes. Suas presas colossais pesam quase três quilos cada e são componentes importantes de seu arsenal defensivo. Os hipopótamos mostram os dentes para intimidar os intrusos, um comportamento especialmente comum entre touros adultos que disputam território. Eles também entregam mordidas mortais com força suficiente para cortar crocodilos adultos pela metade.
Os hipopótamos têm poucos predadores significativos. Eles passam a maior parte do dia submersos em rios, onde seus principais predadores são os crocodilos. Hipopótamos adultos freqüentemente matam crocodilos que tentam mordê-los, mas os juvenis geralmente sucumbem aos ferimentos sofridos durante ataques de emboscada de crocodilos. Os hipopótamos vivem em rebanhos contendo um macho adulto, 10 a 20 fêmeas adultas e seus descendentes. Esse comportamento de agrupamento é um mecanismo de defesa eficaz que impede muitos predadores em potencial.
Enquanto procuram alimentos em terra, os principais predadores que os hipopótamos enfrentam são os leões e as hienas. A caça ilegal é uma ameaça igualmente séria. As presas de hipopótamo são procuradas porque são feitas de marfim, o mesmo material que forma as presas de elefante. Também existe um mercado subterrâneo para carne de hipopótamo.
Além da necessidade de se protegerem contra ataques, os hipopótamos precisam de proteção contra a luz solar escaldante. Eles passam a maior parte de cada dia quase completamente submersos em rios, com apenas suas narinas, orelhas e olhos acima da água. Isso os mantém frescos e confortáveis durante a parte mais quente do dia. Os hipopótamos também secretam um óleo rosa viscoso que lubrifica sua pele grossa, protege-a dos danos ambientais e mata as bactérias da superfície.